Пока буду использовать 2 способа:
1. Положить .desktop в папку автозапуска ~/.config/autostart
2. Добавить в /etc/rc.local до exit 0
( bash /usr/local/bin/ИмяСкрипта.sh ) &
Не забыть про & иначе не будет запускаться как процесс и будет блочить стартап системы